Desde 1996, el logotipo de Auburn Doubledays solo ha pasado por una actualización sutil, que lo alineó con la identidad de marca del equipo matriz.
Los Auburn Doubledays adoptaron su nombre actual al mudarse a un nuevo estadio en 1996, mientras que la historia del equipo en la New York-Penn League en realidad comenzó en 1958.
El antiguo logotipo de Auburn Doubledays se veía casi igual que el actual, excepto por el esquema de color, que comprendía un aguamarina o un verde azulado y amarillo. Presentaba el nombre del equipo con un jugador de béisbol en la parte superior.
Cuando el equipo se convirtió en afiliado de los Washington Nationals en 2011, adoptó un esquema de color diferente, donde el azul marino se complementaba con el escarlata.
Aunque el emblema principal se ha mantenido igual, aparte de los colores, desde la década de 1990, la franquicia desarrolló un logotipo adicional en 2007. Presenta una gran A que «lleva» una gorra de la Guerra Civil y un bigote.
El esquema de color actual se inspiró en el del logotipo del equipo matriz.