Si bien la franquicia se conoce con su nombre actual desde 1987 y su logotipo siempre ha presentado un pájaro azul, eso no significa que el logotipo se mantuvo sin cambios.
El logotipo de los Dunedin Blue Jays se basa en gran medida en el de los Toronto Blue Jays, que es su equipo matriz.
El logotipo de los Azulejos de Dunedin de 1994 presenta una vista lateral del arrendajo azul sobre una pelota de béisbol y una gran «D» roja.
La hoja de arce roja que aparece en este logotipo desapareció en 1997.
En su lugar, se introdujeron las letras «Blue Jays» en azul. En el emblema de 2004, el ave se movió hacia la izquierda, mientras que la “D” estaba coloreada de gris.
El logotipo de los Dunedin Blue Jays se introdujo simultáneamente con la nueva identidad de marca del equipo matriz, los Toronto Blue Jays, y se ve casi igual. La diferencia más notable es la ausencia de la hoja de arce. La palabra «Toronto» ha sido reemplazada por «Dunedin».
